淞沪会战爆发时，蔡元培强撑病体，指挥和组织上海三个研究所向内地搬迁。而各所所长多有不愿意🙷🏂🗔去重庆的，蔡元培尊重大家的意见，除总办事处与气象所搬迁重庆外，其他各所可以自定去处。
如此一来，昆明、桂林也成为迁移的目标，事情也便多🕊🇷🝏了起来。为此，蔡元培不得不操更多的心。即便在香港养病，蔡元培仍然随时接收各处、所的行踪报告，时刻关注和指导着他🕁们的安置情况。
种种问题接踵而来，千头万绪，需要梳理。
年月日，在蔡元培的召集下，关于“中研院”搬迁的🖏👦一个重要会议在香港酒店举行。总干事朱家骅以及丁西林、竺可桢、李四光、傅斯年等各所所长都出席了。蔡元培主持会议，确定了战时院务的众多重大决定与生存发展策略，大家也统一💑👆了思想。
但是，“中研院”总干事一职的人选问题，一直让蔡元培伤脑筋。被蒋介石任命为浙江省政府主席的朱家骅曾多次要求辞掉总干事一职，均被蔡元👷🍞培拒绝。这次到香港，朱家骅又一次以将出任驻德大🌃☆☴使为由，请蔡元培另聘他人。蔡元培虽仍不同意，但也不♆🆌能不考虑新的人选了。
月里的一天，蔡元培邀请🉈任鸿隽一起午餐。任鸿隽曾为四川大学首任校长，能力很强，蔡元培虽然心有打算，但🙙见他事务繁忙，感到时机还不成熟。
月，等朱家骅又提出辞职时，任鸿隽的事务也基本安顿下来，蔡元培正式邀其继任总干事。任鸿隽深知“中研院🙙”情况复杂，虽答应帮忙，但要求到桂林等地视察后再决定。可是，蔡元培认为已不能再拖了，最终说服了任鸿隽，通电宣布其出任总干事。
蔡元培慧眼识才，任鸿隽则不辱使命。在“🈚⚡💸中研院”搬迁安☑置最困难的时期，任鸿隽通过自己在四川等地的人脉以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安顿下来，并不间断地产生科研成果。
蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一次的鼓励同仁“人类历史本充满着打破🛡🝻困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又🐋况易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，他接🆥受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏。在特定的条件下，这无疑是有利于“中研院”的存在和发展的重大举措。
新中国成立时，“中研院”的大部分机构很好地保留下来，成为科学事业的重要力量。对此，蔡元培功♆🆇不可没。
蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美🖏👦国，以便其获得更好的疗养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是自己身负“中研院”职责、文化学术工作，这些均关系国家百年大计，未可一日停顿，♶实不能远离。
在香港的岁月，蔡元培的身体多在病中，不得不推辞🖏👦众多的邀请。♉
蔡元培在香港唯一一次公开活动，是出席由宋庆龄领导的保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会🃰，联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。
这天，蔡元培精神大振，在包括🟅港督罗富国在内的🎶🕩众多来宾面前，即兴发表演讲
“抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯救难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，有了这种精神，便能免于疏忽错乱散漫等🝲过失，从而在全民抗战中担当起一份任务……”
在抗战初期的困难时刻，蔡元培始终有一种自信的乐观与豪情，🝢🌵并不时鼓荡起铁马金戈般的壮烈情怀。这种情怀，在其诗作中🜨🄬有很强烈的表现
“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。
“而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”