午时二刻，织田信长在下令佐久间信盛率领所部留守寺庙群后，亲自率领主力抵达了京都南边。而联军北路军在整顿了一个时辰后，终于勉强恢复了大部分的建制，拥有了一战的能力。他们从南边和东边两个方向，包围了京都。除掉一个上午战斗的伤亡减员外，围攻京都的联军总人数达到了11000战兵。而京都内坚守的三好家在苦战一上午后，同样损失不小，只剩下了将将4000余战兵。
由于京都本身就不适合防守，无论是天皇和宫卿们居住的京都御所，还是退位天皇居住的仙洞御所，都仅仅是拥有简单的墙垣罢了。虽然天皇已经被夺取权柄数百年，但是他在日本人心中的地位却始终神圣而不可侵犯。即使是最为彪悍的武士，也不敢对天皇太过无礼。因此，近年来每次京都附近遭遇战火，大家都会努力避开天皇的居所。
不过这一次，三好家似乎决定抵抗到底了。三好义贤以兵凶战危为由，派人把天皇和宫卿们从京都御所、仙洞御所等地请了出来，送到西边两里外的晴明神社避难。而自己则率军进驻了京都御所，让岩成友通和三好长逸进驻仙洞御所，准备死守京都。
三好义贤摆出这样坚决的姿态，让织田信长也有些赶到迷糊了。如果三好家主力和辅兵早就撤退，他们没必要如此拼命啊？还是说，三好长庆给他们的命令就是竭尽全力拖住织田军，为主力回师平定摄津的叛乱争取时间。
不过，织田信长和三好义贤一样，同样是个天不怕地不怕的主。三好义贤既然敢犯天下之大不韪惊动天皇，占据皇宫驻守，那他就敢直接进攻皇宫！
在收到了织田信长进攻京都御所和仙洞御所的命令后，联军上下一片哗然。因为联军并不清楚，三好义贤已经将天皇和宫卿送出京都之外，还以为三好义贤是挟持了天皇和宫卿，在皇宫里据守。兵凶战危，万一在战乱中伤害了天皇，这重担谁也担不起。不仅自己要切腹谢罪，家族也难逃灭顶之灾。
一向正义感爆棚的浅井长政接到命令后第一个勃然大怒，他当时正坐在石墩上休息，听到命令后几乎跳了起来，一刀把石墩给劈成了两半，同时对着织田信长的使者怒吼道：“织田殿下在想什么？我们武士就是为了守护天皇而存在，岂能做出这种大逆不道的事情来！这样的命令，在下拒绝接受！”
而织田家的诸位老臣，包括柴田胜家、丹羽长秀等人也反对织田信长如此夸张的命令，苦劝织田信长三思。明智光秀更是提议织田信长从本阵里请出和三好家与天皇都有旧的足利义辉进行斡旋，请求三好义贤退出皇宫，实在不行也要让三好义贤把天皇和宫卿们送出去再开战。
然而，众人的犹豫和抗命却让今天已经心情十分不爽的织田信长暴跳如雷。上头了的他直接下令自己的旗本武士和直辖战兵悍然强攻京都御所。这些织田信长的直辖部队虽然不能拒绝执行命令，但是在进攻时也都不情不愿，连前田利家、佐胁良之这些天不怕地不怕的年轻人打起来也束手束脚。战斗持续了两刻钟，织田家却没有取得任何进展。
无奈之下，织田信长只得
妥协，派出明智光秀进入京都御所和三好义贤交涉。然而，两军接上头了后才知道，三好义贤早已把天皇和宫卿们送走。感觉自己被耍了一般的织田信长再次暴怒了，立刻传令联军全军猛攻。没有了心理包袱的联军使出浑身解数，三好军渐渐地难以阻挡。仙洞御所在未时六刻沦陷，守军退往京都御所坐着最后的抵抗。京都地带道路复杂，地形狭窄，织联军没法很好地展开兵力，给了三好军坚持下去的机会。
而与此同时，雨秋平和美浓三人众经过多时的苦战，终于击退了三好义兴，夺回了冈崎神社。三好义兴退回银阁寺后，美浓三人众便不愿意再追击，而是直接追随着织田信长中路军走过的路追赶而去。毕竟，打下银阁寺算不上什么，但是进入京都却是莫大的荣耀。
而雨秋平手下的部下们，也都纷纷请战。雨秋平不是传统的日本武士，没有那么强烈的荣誉感，但是他的部下可不一样。吉岗胜政。御前崎仲秀这些人，都快把雨秋平的耳朵磨出茧来，一直催促着他也进军京都。
而织田信长，更是派出传令兵下令联军本阵内的50000辅兵携带着大量的辎重，沿着北路军进军的路线前去京都。他认为京都马上就可以攻陷，要开始进行整顿工作了，辅兵就必不可少。
眼看着连辅兵都要进京了，而自己还待在冈崎神社，常磐备部下的不满集体爆发了。雨秋平虽然无意抢攻，但是也只得顺着部下的心意，整顿部队准备向京都进发。
然而，就在他准备出发前，却发现有几十个鬼鬼祟祟的人骑着马从冈崎神社的南门溜了进来。雨秋平眉头一皱，就带着身边的侍卫向着那边追去。等他赶到时，发现领头的正是几天前从二条城里逃出，来给联军报告足利义荣病逝的那个小姓。他正领着几十个人拿着铲子，在那里挖掘着什么。
“你们是谁？”雨秋平皱着眉头，有些不满地问道。而他身后的龙子等人也纷纷都是抽刀出鞘，十分戒备地看着那几十个人。
那几十个人闻声转过头来，发现是一个穿着红叶披肩的人带着十几个头盔上插着红叶的侍卫，立刻认出了这是雨秋平。
“红叶殿下。”领头的那个小姓恭敬地答道：“在下等人是公方殿的奉公众。”